实验室一直秉承国家重点实验室倡导的“开放、流动、联合、竞争”精神，积极开展对外合作与交流，与美国、英国、法国、德国、日本等国家的院校和研究机构建立了良好的合作关系。承担了多项国际合作研究课题，主办国际研讨会。创办了“基因组学与新绿色革命论坛”，定期邀请国内外知名学者来实验室进行学术交流和指导。设立了“高级访问学者计划”支持国内外学者来实验室进行合作研究。此外，实验室还定期举办青年学术研讨会，加强实验室内部各课题组间的交流与合作。